Flora Rojas inició su carrera pública en el Ministerio de Hacienda llegando a ocupar los siguientes cargos gerenciales

• Directora de Política Fiscal
• Secretaria General
• Directora General de Presupuesto

También ejerció el cargo de Asesora del Viceministerio de Administración Financiera en la etapa de implementación del Sistema Integrado de Administración Financiera (SIAF) 1996-2000, estuvo a su cargo el diseño conceptual del módulo de Presupuesto.

Actualmente se desempeña como docente, consultora y asesora de Entidades Públicas e investigadora en el área de las finanzas públicas tiene varias monografías y publicaciones escritas. Además en varias oportunidades fue invitada a formar parte del plantel de panelistas invitados por Organismos Internacionales.